Sem dúvida, Paracelso foi um místico. Sua filosofia espiritual foi filha de seu precoce conhecimento do neoplatonismo; tinha como base a união com Deus. Mediante esta união o espírito do homem procurava vencer as más influências, descobrir os arcanos da Natureza, conhecer o bem, discernir o mal e viver sempre dentro da fortaleza divina.

Soube identificar a mão de Deus em toda a Natureza: nas entranhas das montanhas, onde os metais esperam a sua vontade; na abóbada celeste, onde "por meio Dele se movem o sol e as estrelas"